Memutuskan untuk percaya pada Naruto, Nagato menggunakan Seni Gedo: Rinne Rebirth jutsu, mengeluarkan chakra terakhirnya, dan dengan demikian memberikan nyawanya, untuk menghidupkan kembali setiap orang di desa yang tewas dalam serangan itu, mengatakan bahwa itu adalah hal yang paling tidak bisa dia lakukan. Dengan kematian Nagato, Konan meninggalkan Akatsuki, membawa Nagato dan Alam Dewa Pain (yang sebenarnya adalah tubuh Yahiko) bersamanya, berpisah dengan Naruto sambil berkata bahwa karena Nagato percaya padanya untuk mencapai kedamaian sejati, dia juga akan melakukannya. Saat Naruto kembali ke Leaf, dia terkejut mendapati seluruh desa menanti kepulangannya, memujinya sebagai pahlawan sejati. Setelah bertahun-tahun, Naruto akhirnya menerima pengakuan yang selalu dia inginkan.