Setelah Perang Besar, banyak Ninja Penghilang dan Nakal yang masuk ke Negeri Sunyi. Sai, yang telah menyusup ke wilayah tersebut untuk menyelidiki, mengirimkan pesan rahasia kembali ke Konoha. Shikamaru, bertekad untuk mencari tahu apa yang terjadi, menuju Negeri Keheningan bersama dua anggota ANBU, Soku dan Ro. Namun, mereka harus melewati pos pemeriksaan yang dijaga ketat terlebih dahulu.