Beberapa ribu tahun setelah sebuah fenomena misterius mengubah seluruh umat manusia menjadi batu, seorang anak laki-laki yang sangat cerdas dan didorong oleh ilmu pengetahuan, Senku Ishigami, terbangun dari pembekuan. Menghadapi dunia batu dan kehancuran total peradaban, Senku memutuskan untuk menggunakan ilmu pengetahuan untuk membangun kembali dunia. Dimulai dengan teman masa kecilnya yang sangat kuat, Taiju Oki, yang terbangun di saat yang sama, mereka akan mulai membangun kembali peradaban dari nol. Menggambarkan dua juta tahun sejarah ilmiah dari Zaman Batu hingga hari ini, kisah petualangan crafting yang belum pernah terjadi sebelumnya akan segera dimulai.