Di Negeri Hujan, Jiraiya memutuskan untuk mengasuh tiga anak yatim piatu untuk sementara waktu. Yahiko, seorang anak laki-laki yang gagah, ingin Jiraiya melatihnya, Konan, dan Nagato untuk menjadi shinobi, tetapi baru setelah dia melihat fenomena aneh pada Nagato, dia memutuskan untuk melakukannya. Apa rahasia di balik mata Rinnengan Nagato? Apa yang akan terjadi pada ketiga anak ini?